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企业要闻

合理设计新的治疗剂和确定控制信号转导网络的机制

2019-07-12 10:07:57企业要闻

莱斯大学和中国科学院上海药物研究所(SIMM)的科学家开发了一种计算方法,具有预测可药用蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)界面和设计干扰PPI界面的分子的双重功能。

名为Fd-DCA(片段对接和直接偶联分析组合)的计算方法使用一系列片段大小的有机小分子和氨基酸残基侧链作为探针,通过采用对接方法鉴定蛋白质表面上的热点区域。热点是残基簇,其贡献蛋白质及其配偶体的大部分结合亲和力,并在空间上聚类以绘制蛋白质表面上的候选结合位点。然后使用基于共同进化的界面评分来估计潜在的结合位点。这种新的计算方法将帮助研究人员预测可药用PPI界面并执行基于片段的药物设计。

PPI是生物网络的主要组成部分,在调节细胞功能方面发挥着重要作用。了解PPI的复杂形成具有许多实际应用,例如合理设计新的治疗剂和确定控制信号转导网络的机制。蛋白质复合物的通常大的,平坦的和相对无特征的结合位点对药物设计提出了许多挑战。

Fd-DCA是一种使用分子片段对接和共同进化分析的综合方法,旨在应对这些挑战。该计算方法可以准确地预测和表征蛋白质 - 蛋白质相互作用的结合位点,并在预测的结合位点的可药物区域上提供结合的片段大小的探针分子的簇。因此,Fd-DCA可能是发现新候选药物的有用工具。

该研究由赖斯的理论生物物理中心成员进行,该中心由生物物理学家JoséN。Onuchic教授和药物化学家蒋华良教授在SIMM领导。研究结果已在线发表在美利坚合众国国家科学院院刊上。

该研究得到了美国国家科学基金会,德克萨斯州癌症预防与研究所,美国韦尔奇基金会,中国国家基础研究计划以及国家自然科学基金的支持。