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肠道类器官再生的表型景观

从体外单个成人肠干细胞肠类器官的发展概括肠上皮的再生能力1,2。在这里,我们使用基于图像的屏幕来分析带注释的化合物文库,来揭示协调类器官形成和肠道组织再生的机制。

我们为成千上万的类器官产生了多元特征轮廓,以定量描述它们的表型态。然后,我们使用这些表型指纹来推断调节性遗传相互作用,从而建立了一种新的方法来映射紧急系统中的遗传相互作用。这使我们能够鉴定出调节细胞命运转变并维持再生和体内平衡之间平衡的基因,从而揭示了先前未知的几种途径的作用,其中包括视黄酸信号传导。然后,我们表征了视黄酸核受体在控制从再生状态退出并驱动肠上皮细胞分化中的关键作用。

通过将定量成像与RNA测序相结合,我们显示了内源性视黄酸代谢在启动指导肠上皮细胞命运转变的转录程序中的作用,并且我们确定了类视黄醇X受体的抑制剂,可改善体内肠的再生。

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